Woda pitna powinna byc pozbawiona substancji chorobotwórczych. Dlatego wody naturalne zawierające bakterie i wirusy nuszą być poddane dezynfekcji. Woda jest też jednym z podstawowych skłądników wielu produktów spożywczych. Zapewnienie czystości mikrobiologicznej wody ma podstawowe znaczenie dla jakości produktu finalnego. (browary, rozlewnie, masarnie itp). Dezynfekcji wymaga także woda do basenów kąpielowcyh oraz do obiegów chłodniczych.

Dezynfekcja może być przeprowadzana za pomocą:
• naświetlania wody światłem UV
• chlorowania
• ozonowania
• ultrafiltracji